フリーランスエンジニアとして独立した場合、会社勤めとの違いに戸惑うのが普通です。
医療保険は代表的な違いで、会社勤めの場合は職域保険こと被用者保険に加入することとなります。被用者保険は会社員や公務員、個人事業主に雇われた人などを対象とした医療保険で、フリーランスは被用者保険の対象ではありません。
独立後は国民健康保険に加入することとなるので、独立した場合は国民健康保険への切り替えの手続きを忘れないように注意する必要があります。日本では生活保護の受給者などの例外を除き、国民は何かしらの医療保険に加入することが必須なので、国民健康保険に加入しないという選択肢はありません。
働き方にも大きな違いがあり、会社勤めの場合は会社に直接雇用される点、雇用期間が基本的に無期限な点が大きな特徴です。一方で、フリーランスは個人でクライアントの依頼を請けてお金を稼ぐ特殊な働き方です。フリーランスは働き方の一種であり、税法上は個人事業主として扱われるので、独立後は税務署に開業届を提出するようにしてください。
会社勤めの場合は毎月安定して給料をもらえますが、フリーランスの場合は収入が不安定になることも珍しくはありません。案件をなかなか獲得できないと収入が落ち込んでしまうので、貯金が心もとない状態で独立すると後々にお金で苦労する恐れがあります。もっとも、実力やスキルが十分であれば会社勤めの時代より大きくお金を稼ぐことも可能で、夢がある働き方と言ってもよいでしょう。